学校研究生教育始于1985年，我校成为了国家第三批硕士学位授予单位并开始招收硕士研究生。1996年成立研究生部，2006年成为博士学位授予单位。2015年学校深化研究生教育体制改革，实施学位与研究生教育校院两级管理，撤销研究生部，成立党委研究生工作部和研究生院。

学校学科优势突出，专业特色明显。构建了“重点突出、交叉渗透、相互促进”的学科专业结构，在重点建设土木工程、水利工程、交通运输工程3个交通类优势学科的同时，加强建设了机电、信息技术与控制、经管、航海类学科，优化扶持了数理、人文、外语类学科。通过加快学科交叉融合,积极培育了交通信息、交通环境与安全、交通人文、土木工程材料、新能源汽车、建筑、测绘与设计等一批与交通联系紧密的新兴交叉学科专业，基本形成了交通特色鲜明的学科专业体系。学校现有4个一级学科博士学位授权点、14个二级学科博士学位授权点，16个一级学科（54个二级学科）硕士学位授权点，10个专业学位类别；土木工程、水利工程、交通运输工程获批重庆市“一流学科”，机械工程等12个学科获批重庆市“十三五”重点学科；具有授予同等学力人员硕士学位、推荐优秀本科生免试攻读硕士学位资格。现有国家内河航道整治技术研究中心等3个国家级科研平台，桥梁结构工程交通行业重点实验室等24个省部级重点实验室（工程中心、社科基地）。

研究生培养质量稳步提升，综合素质不断提高。获得重庆市优秀博士学位论文6篇、优秀硕士论文64篇；获批重庆市各类研究生教改项目46项，研究生优质课程41项，研究生科创项目184项。获得“挑战杯”全国大学生课外学术科技作品竞赛全国一等奖1项，三等奖4项；“挑战杯”全国大学生创业大赛全国银奖1项，铜奖3项；全国研究生数学建模大赛全国一等奖1项，二等奖7项，三等奖16项；2011级研究生获得第六届“汉语桥”在华留学生汉语大赛全国冠军；2011级硕士研究生获得2012年重庆市“感动校园十大人物”称号、2012年中国大学生年度人物入围奖；赴重庆武隆科技兴农博士生服务团获得2014年度全国大中专学生志愿者暑期“三下乡”社会实践活动“优秀团队”荣誉称号；2011年被重庆市纪委、团市委联合命名为重庆市首批“青春倡廉示范岗”。面对社会日益严峻就业形势，我校研究生就业依然保持了较高的水平，就业率持续保持在90%以上。

学校重视研究生对外交流与合作，与日本群马大学、美国加州大学、英国卡迪夫大学、澳大利亚墨尔本大学等联合培养研究生100余名；与中铁公司、中交建公司等大型企事业单位以及校外科研院所建立了合作关系，搭建了研究生社会服务平台、联合培养基地和实习实践基地等平台100余个。

我校研究生教育已经形成了完整的体系，达到了一定规模。现有博士生导师68名，研究生导师783名，校外导师205人；各类各层次研究生 4000 余人，其中全日制在校生 3048 人，在职硕士近 1000 人。经过多年的发展建设，为国家培养了博士、硕士等高层次专业人才 8000 余名。